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Windows 2000がサポートするファイルシステム
Windows NTでは，FAT，HPFS，NTFSという3種類のファイルシステムがサポートされていた。これに対してWindows 2000では，対応するファイルシステムが若干変更されている。
まず，HPFSのサポートは廃止された。OS/2からWindows 2000へのアップグレード自体ができないため，新規にWindows 2000を導入する場合には，この点が問題になることはまずないだろう。しかし，もしOS/2からWindows NTにアップグレードしていた場合で，HPFSのボリュームをそのまま残してあった場合には，Windows 2000にアップグレードするまえに，あらかじめHPFSのボリュームをNTFSへと変換しておかなければならない。
また，Windows NTと同様にFATファイルシステムはサポートされているが，DOS以来採用されてきたFAT16に加えて，Windows 95 OSR2以降で使用できるようになったFAT32にも対応している。このため，Windows 95やWindows 98で作成した大容量のディスクパーティションを，Windows 2000でそのまま使用できる。ただし，FAT32の最大ボリュームサイズが127Gバイトであるのに対して，Windows 2000上で作成できる最大ボリュームサイズは32Gバイトまでである（それ以上のサイズの既存ボリュームにアクセスすることは可能である）。また，FAT16をFAT32に変換することはできない。
NTFSは，Windows NTで採用されていたバージョン4.0からバージョン5.0に変更され，大幅に機能が強化された。ただし，NTFS5.0の下位互換性はやや低いので，十分に注意してほしい。実際，Windows NTからWindows 2000にアップグレードし，NTFS4.0のボリュームをそのまま使用しようとしても，新機能はいっさい利用できない。新機能を使用するためには，NTFS4.0をNTFS5.0にアップグレードする必要がある。しかし，いったんアップグレードしたら最後，NTFS4.0にダウングレードすることはできない。
Windows 2000とWindows NT 4.0をデュアルブートさせるなど，同じNTFSボリュームをWindows 2000とWindows NT 4.0の両方で使用するには，Windows 2000を導入するまえに，Windows NT 4.0にService Pack 4以降を適用しておく必要がある。これにより，Windows NT 4.0はNTFS5.0に疑似対応できるようになる。疑似対応というだけに，Windows NT 4.0からNTFS5.0の機能をすべて利用できるわけではない。Windows NT 4.0からNTFS5.0のボリュームに読み書きすることはできるようになるが，NTFS5.0の新機能を使ったデータにはアクセスすることができない。また，Windows NT 3.51以前のバージョンには，NTFS5.0に対応するためのドライバが提供される予定がないので，NTFS5.0のボリュームを利用することはできない。
以上で述べたように，(1) 下位互換性が低い，(2) マルチブート構成を実現する場合に若干の注意が必要となる，という問題はあるものの，Windows 2000のみで使用する限り，NTFS5.0の新機能を最大限に享受できる。この記事では，NTFS5.0の新機能を中心に，Windows 2000のファイルシステムと，その操作法について解説する。
なお，Windows 95やWindows 98とのデュアルブート構成を検討しているユーザーであれば，データを共有する意味で，FAT16やFAT32の利用を考えることも多いだろう。個人ユースでWindows 2000を使用する場合，セキュリティ上の問題を気にしないのであれば，NTFSを利用しなくとも，あまり大きな問題になることはない。システム自体はNTFSに導入し，共有データだけをFAT16やFAT32のパーティションで管理することも可能である。
ただし，Windows 95やWindows 98に実装されているVFAT（Virtual File Allocation Table）と，Windows NTやWindows 2000に実装されているVFATでは，仕様に微妙な違いがある。VFATとは，DOSにおける「8.3」形式のファイル名の制限を撤廃してロングファイルネームを利用できるようにしたFATの拡張仕様である。Windows 95，Windows 98，Windows NT 3.5以降のWindowsファミリは，このVFATに対応している。Windows 95やWindows 98におけるVFATは，「8.3」の範囲内で名前を付けると，必ず大文字でファイルを保存する。しかしWindows NTやWindows 2000では，ファイル名の大文字と小文字を判別するフラグを備えているので，「8.3」形式で名前を付けても大文字と小文字が使い分けられる。この違いのため，たとえばWindows 2000でファイル名を小文字にしたつもりが，Windows 98で編集したら大文字になってしまった――などの現象が起こることになる。さらに，VFATの短縮名（従来のFATとの互換性を維持するために割り当てられる「8.3」形式の名前）の変換規則がWindows 95/98とWindows NT/2000では若干異なるために，SCANDISKのようなアプリケーションではディスク障害と誤認されるおそれもある。もっとも，これらはいずれも些細な問題なので，あまり神経質に考える必要はないだろう。
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