PS2版「モンスターファーム」のストーリーは，モンスターバトルが競技化されるずっと前の世界が舞台となっている。とある地に，大昔からモンスターと親しみ，その力をかりて暮らしてきた「トチカ」という民族が住んでいた。

　その地に他の民族の人々が移り住むようになってからは，円盤石から唯一モンスターを再生できるトチカの長が人々にモンスターを与え，暮らしの手助けをしていた。

　そして時は経ち，モンスターは人々の生活にすっかり定着。お祭りのイベントなどで，育てたモンスター同士を戦わせる「モンスターバトル」が行われるようになり，たいへんな人気を呼ぶようになった。

　それは次第に大規模なものになり，大会で勝利し名をあげようと，仕事そっちのけでモンスターの育成に打ち込む専業の「ブリーダー」たちも現れだした。ブリーダーは，モンスターとともに森林や砂漠，雪原など，いろいろな地域をめぐりながらトレーニングを重ねる。またトチカ人たちも，皆がモンスター育成に熱心になることを喜んで，モンスターバトルを奨励するようになり，各地をまわり行く先々でブリーダーたちにアドバイスするようになっていった――。