時は2552年。地球は人口過剰の限界に達し，ほかの惑星群に移民することを余儀なくされていた。

　そんな宇宙時代，地球から遥か遠く離れた植民地を，地球外生命の戦艦が襲ったとの報告が届く。人類はこのエイリアンを「コヴナント」と呼んだ。

　地球の殖民星の中で，最も科学と軍事に進んだ惑星リーチでは，このコヴナント殲滅のため，特殊部隊"SPARTAN-II"プロジェクトを発足。同じころ，地球侵略を始めたコヴナントとの戦いは激化。この戦いから逃れることができた地球の戦艦は「オータム」一隻だけだった。

　最後の"SPARTAN-II"を乗せた戦艦オータムは，コヴナントを地球から遠ざける作戦を，今，開始しようとしていた――。