シャドー・モセス事件から数年後。スネークと死闘を繰り広げた“シャラシャーシカ”ことリボルバー・オセロットの手により，メタルギアの機密は世界のブラックマーケットに流出した。REXの子供達は世界に拡散し，今や核武装国にとって核そのものは絶対的な抑止力としての意味を失い，世界は戦いの火種で充満していた。

　この頃，スネークは反メタルギアを謳う非政府組織“フィランソロピー”のもとで活動していた。この組織にはREXの産みの親でもあるオタコンこと“ハル・エメリッヒ”も所属していた。このフィランソロピーの情報網が，極秘裏に開発された新型メタルギアが輸送されるという情報を掴んだ。

　この新型メタルギアに関する情報を世界に公開すれば，その秘匿性は失われ，それを所有する組織は非難の矢面に立たされるはずだ。そのためには危険を冒してでも新型メタルギアが存在する確たる証拠を手に入れなければならない。

　雨の中，ハドソン川を下る偽装タンカー。

　情報ではその船倉にはオイルではなく，完成したばかりの新型メタルギアが収まっているはずだ。合衆国内ではあまりにも目立ちすぎるため，密かに外海でのテスト演習を行おうとしているのである。

■嵐のはハドソン川を航行する，巨大タンカー。しかし実体は，新型をメタルギア輸送するための偽装船だった…。		■謎の武装集団に制圧された船内を移動するスネーク。はたしてメタルギアを発見できるのか？

　オタコンのバックアップのもと，タンカーに潜入を試みたスネーク。しかし，皮肉にもまるで時を合わせたかのように，彼の目前で当該のタンカーは謎の武装集団により制圧されていくのである。

　武装集団は何者なのか。見え隠れするオセロットの影。スネークの息詰まる潜入がまた始まる。