信頼性の高いシステムアーキテクチャ
強化されたファイルシステム
Windows 98でお馴染みのFAT32（File Allocation Table 32）や，最新バージョンのNTFS 5.0への対応も，Windows 2000の大きな特徴である。FAT32は，Windows 95 OSR2で初めて採用された新しいFATファイルシステムである。クラスタ位置を32ビット（4ビットは予約されているので実質は28ビット）で管理することによって，管理可能な最大サイズを従来の4Gバイト（64Kバイトクラスタの場合）から2048Gバイトにまで拡張している。また，クラスタサイズがFAT16よりも小さくてすむため（FAT16だと256M〜2Gバイトで8〜32Kバイト，FAT32なら4Kバイトでよい），ハードディスク領域を有効に使えるという利点もある。特にファイル数が多い場合には，ハードディスクの使用効率に大きな差が生まれる。
Windows 95 OSR2以降のユーザーは，通常FAT32を使用していることと思われるが，FAT32に対応したWindows 2000ならば，移行作業も円滑に進められるだろう。また，FAT32を使用してWindows 98とWindows 2000のデュアルブート環境も簡単に実現できる（Windows 98とWindows NT 4.0とのデュアルブート環境は，FAT16でしか実現できなかった）。
NTFS 5.0は，従来のNTFS 4.0にさまざまな機能を追加したNTFSの最新バージョンである。UNIXのシンボリックリンクのような機能を提供するリバースポイント，ユーザーごとにディスクの使用量を制限できるディスククォータ，すでに述べたEFSなどが主な新機能となっている。
Windows 2000の機能をフル活用するためにはNTFS 5.0での使用が推奨されるが，ほかのOSとデュアルブート構成にする場合には，十分注意しなければならない。たとえば，Windows 98やその他のFree UNIXなどと併用する場合を考えてみよう。将来的にはこれらのOSでもNTFS 5.0上のデータを読み書き可能なツールが提供される可能性もあるが，当面はFAT32で運用したほうが互換性が高く，データの共有を進めやすい。また，Windows NT 4.0と共存させる場合には，いっそうの注意が必要である。Windows 2000のインストールに伴って，Windows NT 4.0で採用されていたNTFS 4.0は自動的にNTFS 5.0へと更新されてしまう。この結果，Windows NT 4.0のCD-ROMに収録されている標準のセットアッププログラムでは，修復インストールすることはもちろん，Windows NT 4.0でもう一度上書きインストールすることも不可能となる（Windows NT 4.0のインストーラがNTFS 5.0を認識しないため）。Windows NT 4.0を修復インストールしたり上書きインストールしたりする場合には，Windows NT 4.0 Service Pack 4以降に添付されているWINNT32.EXEを利用する。なお，Windows 2000のインストールに先立ってWindows NT 4.0にService Pack 4以降を導入しておかないと，Windows NT 4.0自体が起動しなくなってしまうので，十分に注意してほしい。
NTFS 5.0の新機能がすぐに必要となるケースはまれだと思われるので，Windows 2000一本に絞って本格運用しようという段階に至るまでは，無理にNTFS 5.0に移行しなくてもよいだろう（CONVERTコマンドを利用すれば，あとからNTFS 5.0へとファイルシステムを変更することもできる）。
Fig.17 ディスククォータ
ディスククォータ機能を利用すれば，ユーザーごとにディスクの使用量を制限できる。複数のユーザーが共有するファイルサーバーなどでは，重宝しそうな機能である。
なお，ファイルシステムに関連して，「ディスクデフラグツール」が標準搭載されたことも注目に値する。ディスクデフラグツールとは，ディスク上のデータを連続的に再配置して，ディスクアクセスの高速化（最適化）を図るツールである。Windows NT 4.0では，ドライブの［ツール］パネルに最適化にかかわる項目が用意されていたものの，無効になったままでまったく使えない状態だった。Windows NTで動作するディスク最適化ツールはマイクロソフトから提供されていなかったため，原則的には市販のデフラグツール（SymantecのNorton Speed DiskやExecutive Software InternationalのDISKEEPERが有名）を別途購入するしか方法がなかった。Windows 2000では，DISKEEPERの機能限定版が標準搭載されることになり，追加投資なしでハードディスクを維持管理できる（DISKEEPERの全機能を使用するには，製品版を購入しなければならない）。搭載されているDISKEEPERは，Windows 2000で管理可能なファイルシステムすべてに対応しているので，FAT32やNTFS 5.0でフォーマットされたドライブでも，もちろんデフラグ可能である。
Fig.18 ディスクデフラグツール
Windows 2000では，Windows NTカーネルのOSとしては初めて，ディスクデフラグツールを標準装備している。FAT16，FAT32，NTFSでフォーマットされたすべてのドライブがデフラグの対象となる。
また，Windows NT 4.0よりも高機能なバックアップツール（VERITAS Softwareが開発したもの）が付属している。従来のバックアップツールはテープドライブにしかバックアップを確保できなかったが，Windows 2000に付属するものはWindows 98と同様にバックアップデータをファイル化してリムーバブルディスクに格納することも可能になっている。高価なテープドライブを購入できないユーザーでも，気軽にバックアップできるのはたいへん嬉しいところだ。また，バックアップスケジュールを設定する機能が搭載されているなど，Windows 98に付属するものよりも本格的なツールに仕上がっている。
Fig.19 バックアップ
バックアップデータをファイル化できるので，高価なテープドライブを用意しなくてもバックアップすることができる。この画面例は，Quantum DLTテープドライブを接続したときのものである。
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