　「幻創戦艦・大和」は、旧・日本海軍が建造した戦艦大和をモチーフにした敵キャラクター。2月20日のイベント「ファンタシースター感謝祭2016・大阪」で登場したが、「大和と名のつく戦艦を敵として登場させること」「菊花紋章のままの戦艦に攻撃を加えること」などに対し、非難・反発する意見が寄せられたという。

　同ゲームの酒井智史プロデューサーは、公式サイト上で「戦艦大和への敬意を大切にして、新たな幻創戦艦・大和の姿を描きたかった」との思いを述べる。戦艦大和を「憧れや畏怖の象徴」と捉え、「戦争についての問題や、歴史の重さを受け止めつつ、今回のエネミー化をエンターテイメントにおける表現の1つとして許容いただければ」としている。

　菊花紋章については、知的財産上・法務上の問題がないことは確認済みで、「菊花紋章の重要性を尊重し、変更をなるべく抑えた」「菊花紋章部分の部位破壊ができる仕様はございません」と説明している。

　一方で、酒井プロデューサーは「菊花紋章があることで心情的部分にご納得いただけない方への配慮が足りなかった」ともコメント。オープニングムービー、パッケージ、ゲーム内の紋章のデザインを変更し、「われわれの説明が足りなかったために、多くの議論を招いてしまいましたことをおわび申し上げます」と謝罪している。

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