京都大学化学研究所、次期スパコンシステムに日本SGIを選択

日本SGIは、京都大学化学研究所(ICR)から、ゲノム情報研究用の新システムとして、次期スーパーコンピュータシステムの構築を一括受注したことを明らかにした。

» 2007年09月14日 13時50分 公開
[西尾泰三,ITmedia]

 日本SGIは9月14日、京都大学化学研究所(ICR)から、ゲノム情報研究用の新システムとして、次期スーパーコンピュータシステムの構築を一括受注したことを明らかにした。

 ICRは、化学を中心に物理学から生物学まで広範な学問分野を対象とした研究機関。特にゲノム情報の研究拠点として設置されたICRバイオインフォマティクスセンターは、国内外から高い注目を集めている。また、ゲノム情報を基盤とした新しい生命科学研究と創薬・医療・環境保全への応用を推進するために、インターネットサービス「ゲノムネット」を提供している。

SGI Altix 4700

 従来はSGI Origin3800を中心にSun Fire 15Kなどを用いたスーパーコンピュータシステムを稼働させていた同研究所。新システムは、デュアルコア インテル Itanium 2プロセッサを搭載したSGI Altix 4700を256CPU(512コア)構成で組んだ計算生物学サーバ(メインメモリ2.2Tバイト)、同じくSGI Altix 4700(256コア構成)で組んだ計算化学サーバ(メインメモリ1.1Tバイト)、サンのSun Fire E6900を2台用いたゲノムネットサーバ、Sun Fire E6900を2台、Sun Fire X4600 M2を3台、SGI Altix XEシリーズを2台用いたデータベース開発サーバといった4つのサーバ群から構成される。

 新システムでは、分子生物学関連データベースの統合検索システム「DBGET」や生命システム情報統合データベース「KEGG」、医薬品・化合物のデータベース、関連ソフトウェア群(KAAS、SIMCOMP、SUBCOMP、KCaMなど)が稼働、これらに伴うデータベースを日々更新するシステムが稼働するほか、配列解析ツール群を通じた処理などが行われる。

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