　しかし、放送後に小保方氏が、番組が人権侵害に当たると申立書を提出。「小保方氏がES細胞を『盗み』、それを混入させた細胞を使って実験していたという断定的なイメージで作られたもので、大きな人権侵害があった」と訴えた。これに対し、NHKは「『STAP細胞はあるのか』という疑問に対し、客観的な事実を積み上げ、表現にも配慮しながら制作したもので、人権を侵害していない」と反論していた（関連記事）。

　申し立てを受け、放送人権委員会が15年8月から同番組の審理をスタート。最終的に「名誉毀損の人権侵害が認められる」と結論付けた。放送内容に編集上の問題があり、単なるES細胞の混入疑惑の指摘にとどまらず、小保方氏が不正にES細胞を入手し、意図的に混入してSTAP細胞を作製した――と、一般視聴者が受け取る番組内容になっているという。

　一方、小保方氏と笹井氏の電子メールを放送したことは、「科学報道番組としての品位を欠く表現方法」としながらも、メール内容の秘匿性は高くないとし、プライバシーの侵害には当たらないとした。

　その他、「ナレーションや演出が小保方氏に不正があると強調するものになっていないか」「未公表の実験ノートを公表するのは許されないのではないか」などの訴えについても「人権侵害や放送倫理上の問題があったとは言えない」としている。

小保方さん、2年ぶりにメディアに登場　「婦人公論」で寂聴さんと対談
小保方さんが2年ぶりにメディアに登場。「婦人公論」で瀬戸内寂聴さんと対談し、騒動からこれまでを振り返っている。
小保方氏、手記出版　STAP細胞問題の経緯を説明
「STAP細胞」をめぐる研究不正問題について、論文執筆者の小保方氏が自ら経緯を説明する手記が出版される。
博士号取り消し、小保方氏からの抗議に早大が反論　「事実と異なる」
「事実と異なるいくつかの点と誤解と思われる指摘がある」――博士号取り消しに抗議した小保方氏のコメントに、早大が反論した。
STAP細胞「NHKスペシャル」BPO審理に　小保方氏「人権侵害の限りを尽くした」と主張
BPOは、STAP細胞問題を取り上げた「NHKスペシャル」について審理入りを決定。小保方氏は「人権侵害の限りを尽くしたもの」と主張している。