インボイス・電子帳簿保存法・税理士連携｜中小企業向けおすすめ会計ソフト一覧と導入成功のポイント

中小企業の経理業務において会計ソフトの導入と活用は欠かせません。法改正や人手不足に対応しつつ、業務効率化を図るためにも、自社のニーズに適する会計ソフトの選定が重要です。しかし市場には多くの製品が存在し、自社に合うものを見極めるのは容易ではありません。

本記事では、中小企業の経営層・経理担当者を主な対象とし、2025年時点でのおすすめの会計ソフト／システムを一覧で紹介します。導入メリットや選定ポイント、製品ごとの違いを比較し、システム／製品選びをサポートします。

機能で比較「会計システム」おすすめ製品一覧

中小企業の経理担当者が抱える課題とは

Excel会計の限界

課題を抱える企業では、会計業務にExcel（エクセル）／スプレッドシートなどの汎用ソフトウェアを活用していると思います。エクセルは導入や作業性のハードルは低く計算や表組み化・テンプレート化もある程度容易ですが、やはり手作業が中心であることが課題です。入力ミスや集計ミスが発生しやすく、業務の正確性が損なわれるリスクがあります。

おすすめ「エクセル管理」でもできること、「エクセルでは限界」となるパターン

法改正への対応が煩雑化

インボイス制度や電子帳簿保存法などの法改正が進む中、紙や手入力ベースの処理では法対応が難しくなります。ペナルティなどの企業リスクが増大します。

業務の属人化と引き継ぎの困難さ

特定の担当者しか業務フローを把握していないケースが多く見られます。異動や退職時に引き継ぎが難航し、業務の継続性に支障をきたす恐れがあります。

経理部門の人手不足による多忙化

慢性的な人材不足により、経理担当者に業務が集中している企業は少なくありません。その結果、作業負担が増加し、戦略的な業務に時間を割けなくなっています。

このような背景から、多くの企業では業務の標準化と効率化が急務となっており、これを支援する手段として会計ソフトの導入が注目されています。

会計ソフト導入のメリット

仕訳の自動化でヒューマンエラーを防止

銀行口座やクレジットカードのアカウントと連携することで、取引データを自動取得し、仕訳作業を自動化できます。これにより入力ミスや記帳漏れを防止し、正確な帳簿作成が可能になります。

インボイス制度・電子帳簿保存法への対応

会計ソフト／システムには「最新法令に追従し、制度変更に適宜対応」する帳票出力や電子保存機能を備え、このことを売りにする製品が多くあります。“システム／ソフトを使っていれば概ね対応”できる環境を整えられ、自社で全て対応せずとも複雑となりがちな要件をクリアしやすくなります。

おすすめ電子帳簿保存法の順守を踏まえた会計ソフトの必要性

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経費精算・請求書発行を一元管理

会計以外の周辺業務と連携可能なソフトなら、経費精算や請求処理のフローを一元化でき、部門間の連携もスムーズに行えます。

決算業務の効率化とスピード向上

月次・年次決算に必要なデータを自動集計し、早期の帳簿締めや財務諸表作成が可能になります。業務の属人化防止にもつながります。

データのクラウド管理で在宅業務にも対応

クラウド型の会計ソフトなら、外出先や在宅勤務中でもリアルタイムでデータにアクセス可能です。セキュリティ対策も強化されています。

税理士とのデータ共有がスムーズになる

税理士と同じプラットフォーム上でデータを管理できれば、あるいはAPIやデータのインポート／エクスポート機能でデータを適切に連携できる体制を確認できれば、会計データ・資料の受け渡しから確認作業の手間までも大幅に軽減されます。

この1ページで解決「会計システム」の主な機能、メリット・デメリット、製品選定のポイントを分かりやすく解説

会計ソフトの種類と特徴

クラウド型とインストール型の違いとは

クラウド型はインターネット経由で利用可能で、複数拠点や在宅勤務にも対応できる柔軟性が魅力となる、昨今主流と言える製品形態です。常に最新版が使える自動アップデート機能もあり、セキュリティ対応や法令対応のような観点でも自社で全て対応するより安心して運用できます。

インストール型は、ローカル環境で動作するためネットワークに依存しない安定性や買い切り型であれば運用コスト面が特長です。ただし更新作業やバックアップが手動になるなど、運用負荷が課題になります。

中小企業に向くのはどちらか

コストや導入の手軽さを重視する中小企業にはクラウド型がおすすめです。初期費用が低く、インターネット環境があれば即日利用を開始できます。また、ユーザー数や企業規模、利用ニーズ、求める機能に沿っていくつか料金／ライセンス体系が用意され、コストを意識しながら柔軟に利用できる点も利点です。

販売管理・給与計算との連携が可能な製品とは

業務の全体最適化を目指す企業では、販売管理や給与計算などのシステムと連携できる会計ソフトが有効です。たとえばERP連携に対応した製品であれば、会計データと業務データが統合され、経営判断のスピード向上にも貢献します。

会計ソフト選定のポイント

UI・UXのわかりやすさが定着を左右する

誰でも直感的に操作できるインターフェースは、導入後の社内浸透をスムーズにします。複雑なメニュー構造や非直感的な入力画面は、担当者の混乱や導入失敗の要因になります。

サポート体制の充実度をチェック

電話・チャット・メールといった多様なサポートチャネルを持つ製品は、トラブル発生時にも安心です。初期導入支援やFAQの充実度も確認ポイントです。

料金体系の違い（月額・年額・従量制）

導入時には初期費用の有無、月額か年額か、追加機能で課金が発生するかなど、コストの内訳を把握することが重要です。無駄なコストを避けるためにも、実際の使用頻度に合ったプラン選定が求められます。

無料トライアルで操作性と機能を確認

トライアル期間を活用し、自社の業務にどれほどフィットするかを体験できます。実務担当者が使いやすいと感じるかを判断することが、定着化の鍵になります。

社内・税理士との連携がとりやすいか

会計ソフトを選ぶ際は、税理士とのデータ共有のしやすさ、他部門とのデータ統合性も重要です。CSV出力、API連携、閲覧権限設定など、実運用を意識した機能確認が求められます。

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おすすめ初めてのSaaS導入ガイド　まずはここから始めよう！　製品探しから利用開始まで6つのステップを徹底解説

中小企業におすすめの会計ソフト一覧6選

（製品名 abcあいうえお順／2025年5月時点）

ACELINK NX-CE（ミロク情報サービス）

FX4クラウド（TKC）

freee会計（freee）

multibook（マルチブック）

プロカン（PROCAN）　無料トライアルあり

マネーフォワード クラウド会計

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会計ソフト導入時の注意点と失敗例

データ移行の手順を事前に確認

旧システムやExcelからのデータ移行は初期トラブルの要因になりがちです。マスタ情報の整備や移行前のテストを通じて、事前に移行計画を策定しておくことが大切です。

経理担当者のITスキルに配慮する

新システムの操作に不安を感じる担当者もいます。従業員全体のITスキルを勘案し、不安がある企業ではトレーニングやオンラインマニュアル、簡易ガイドなどが用意されている製品／ベンダーを選ぶとスムーズな導入が期待できます。

税理士との共有方法を事前にすり合わせ

データ出力形式や閲覧方法のすり合わせが不足していると、税理士側での処理に支障をきたす可能性があります。税理士と事前に必要な設定やデータ、操作手順を整理しておきましょう。

操作研修や定着支援の有無を確認

ベンダーによる操作説明会や初期設定サポートの有無は、特に社内でITに詳しい人材がいない企業にとって重要です。マニュアルや動画チュートリアルの有無も確認しましょう。

業務フローに合わせた設定ができるか検証

製品が自社の業務フローを再現できるかどうか、あるいはカスタマイズで対応できるかといった柔軟性の確認が重要です。勘定科目のカスタマイズや承認フローの設定が可能かなど、事前に仕様確認を行いましょう。

導入事例

【創業70年の老舗企業】昭和時代から続くアナログ体制からの大変革、わずか1カ月でデジタル化を実現

創業70年の老舗企業が紙ベースの業務からデジタル化へと大きく変革。デジタル型意識とITシステムの導入によって経費処理の効率が大幅に向上し、業務負担の軽減を実現しました。わずか1カ月でクラウド経費システムを導入できた「スピード感」の理由とは？

会計ソフト導入計画のまとめ、業務効率化を実現する次のステップ

会計ソフトの選定は、業務内容・操作性・料金・サポート体制など、多角的な視点からの比較しながらじっくりと検討していきましょう。ポイントの1つとして、契約前に「無料トライアル」を活用して社内で実際に操作し、自社の業務に合っているかを確認する方法はとても有効です。また、導入後のサポート体制や税理士との連携方法も事前に整理しておくことで、スムーズな定着が可能になります。

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