勤怠管理システムは中小企業にも必要？　選び方とおすすめの勤怠管理システム14選

勤怠管理は、中小企業にとって業務負荷や人的ミスが発生しやすい一方で、未払い残業や36協定違反など、知らないうちに法令違反につながりかねない重要な業務です。紙のタイムカードやエクセルでの管理に限界を感じながらも、「今のやり方を変える余裕がない」と感じている企業も少なくありません。

そのため「システム化が必要だ」とは分かっていても、数多くある勤怠管理システムの中から自社に合うものをどう選べばよいのか分からない、導入後に現場が使いこなせるのか不安、といった理由で導入に踏み切れない担当者も多いのではないでしょうか。

そこで本記事では、中小企業で起きがちな勤怠管理における課題や問題を整理したうえで、勤怠管理DXに向けた「勤怠管理システム」の機能と導入メリット、注意点、製品の選び方を企業の実務担当者、製品検討を進めたい担当者に向けて分かりやすく解説します。

中小企業の勤怠管理で起きがちな課題

多くの中小企業では、日々の勤怠管理が大きな課題となっています。特に紙やエクセルでの管理は、煩雑で手間がかかりやすく、さまざまな問題が生じやすい環境です。ここでは、中小企業でよくある勤怠管理の悩みについて整理します。

アナログ管理で増えやすいミス

紙やエクセルでの勤怠管理は、転記作業による数値ミスが発生しやすくなります。タイムカードの集計も担当者にとって大きな負担になりやすく、修正依頼が増えることで手戻りも多くなりがちです。

また、同じ勤怠データを複数箇所で管理してしまい、二重管理のリスクが発生しやすくなります。締め日に情報がそろわず、月末の処理が遅れることも少なくありません。

勤務形態が混在する中小企業あるある

事務職と現場スタッフで打刻方法が異なるケースや、シフト制と固定時間制が社内に混在していることは、中小企業ではよくある状況です。

また、直行直帰の社員と出社する社員がいる、短時間勤務や時差出勤の従業員が増えている、といった働き方の多様化も見られます。そのため、勤怠ルールが複雑化しやすくなり、管理が難しくなる傾向があります。

まずはExcel管理の作り方や限界を整理したい方は「勤怠管理表をExcelで作る方法｜無料テンプレ・関数・日跨ぎ/深夜/残業の計算と注意点」をご覧ください。

参考：勤怠管理表をExcelで作る方法｜無料テンプレ・関数・日跨ぎ/深夜/残業の計算と注意点

勤怠管理システムとは

ここからは、勤怠管理システムについて紹介します。システムを活用することで、どのようなことができるのでしょうか。

勤怠管理システムでできること

勤怠管理システムを導入すると、PCやスマートフォンから簡単に出勤・退勤の打刻が可能です。打刻データは自動で集計され、勤務時間や残業時間の計算も自動化されます。また、有給休暇の申請や、各種休暇の申請・承認もオンラインで完結できます。

勤怠データはCSVで出力でき、給与計算ソフトとの連携もスムーズです。さらに、勤怠状況をグラフや一覧で確認できるため、社員の働き方の把握も容易になります。アラートやリマインド通知によって、申請や承認漏れも防げる仕組みになっています。

「中小企業向け」の目安

中小企業向けの勤怠管理システムでは、従業員数が5名から100名程度まで対応しているものが一般的です。

複数の店舗や現場など、さまざまな拠点にも対応できるかどうか、複雑なシフト制や異なる就業規則に対応可能かといった点も大切なポイントです。また、管理者が他の業務と兼務していても運用しやすい簡単な操作性や、費用面で導入しやすい料金プランがあるかも重要です。

従業員50名までの選び方・低価格製品の方向性を補足するなら「小規模企業向け勤怠管理システムおすすめ7選｜選び方や導入メリットを徹底解説　“月額無料”の製品もあり」をご覧ください。

参考：小規模企業向け勤怠管理システムおすすめ7選｜選び方や導入メリットを徹底解説　“月額無料”の製品もあり

中小企業が勤怠管理システムを導入するメリットと注意点

勤怠管理システムの導入には、作業負担を減らすだけでなく、法令順守や労働環境の改善につながる多くのメリットがあります。一方で、注意すべきポイントもいくつか存在します。

中小企業が勤怠管理システムを導入する主なメリット

勤怠管理システムの導入により、中小企業は業務効率化やコスト削減など、さまざまな恩恵を受けることができます。ここでは、特に中小企業にとって重要なメリットをご紹介します。

勤怠集計や勤務表作成の作業時間を減らせる

勤怠管理システムを使うと、自動集計機能により手作業の計算や転記が不要になります。これにより、集計ミスや集計忘れのリスクが大きく減り、月末の締め作業も短時間で終わるようになります。

“基本機能の整理＋導入メリット”を補強するなら「勤怠管理システムの基本機能と導入メリット｜従業員と管理者の観点、製品の選び方を分かりやすく解説」をご覧ください。

参考：勤怠管理システムの基本機能と導入メリット｜従業員と管理者の観点、製品の選び方を分かりやすく解説

打刻ミスや集計漏れを防げる

出退勤の打刻データがリアルタイムで記録されるため、打刻忘れや重複打刻もアラートで通知されるシステムが多いです。人的ミスの発生が少なくなり、データの正確性が保たれます。

有給休暇や残業時間の把握が容易になる

有給休暇の取得状況や残日数が自動で集計される仕組みがあり、残業時間や深夜勤務もシステム上で一元管理できます。社員ごとの労働状況がすぐに確認できるので、管理者の負担が軽減されます。

法令対応がしやすくなる（36協定、労働時間上限など）

法定労働時間や36協定の上限を超えそうな場合にアラートを出してくれるシステムも多いです。必要な帳票や記録も自動作成されるので、法改正があってもアップデートで対応できるサービスが増えています。

給与計算や他システムとの連携が可能

勤怠データを給与計算や会計ソフトに自動で連携できるため、手作業によるデータ転記が不要です。これにより作業負担やミスが減り、勤怠情報をより幅広く活用できるようになります。

中小企業が勤怠管理システムを導入する際の主な注意点

勤怠管理システムの導入には多くのメリットがある一方で、スムーズな運用のためには事前に押さえておくべきポイントがあります。導入を成功させるための注意点を確認しましょう。

システムの初期設定に手間がかかる場合がある

システム導入時は、自社の勤務形態や就業規則に合わせた設定作業が必要です。シフトや休暇ルール、従業員ごとの情報入力など、最初の手間を想定しておきましょう。

導入時につまずきやすいポイント（初期設定・運用定着）を深掘りするなら「勤怠管理システムのデメリットと導入時の課題・心配ポイントを解説｜失敗を避ける選び方と対策」をご覧ください。

参考：勤怠管理システムのデメリットと導入時の課題・心配ポイントを解説｜失敗を避ける選び方と対策

現場ごとの運用ルールを事前に整理する必要がある

直行直帰や複数拠点勤務など、実際の働き方に合った運用ルールの整備が大切です。社内でルールを統一しないと、トラブルや誤集計の原因になる場合があります。

端末費用やオプション料金など追加費用が発生する場合がある

ICカードや生体認証などの専用端末が必要な場合、購入費がかかることがあります。また、一部の機能は有料オプションとなる場合があるので、事前に確認しておくと安心です。

利用人数や機能によって月額費用が変動する場合がある

基本料金だけでなく、従業員数や追加機能によって月額費用が変動する仕組みのシステムが多いです。将来的な人員増やシステム拡張時のコストもあわせて見積もることが必要です。

サポート体制や操作性を確認しておく必要がある

システム導入後に困ったときのサポート窓口やマニュアルの有無も事前に確認しましょう。操作が難しいシステムは現場に定着しにくいので、デモや無料トライアルを活用して使いやすさをチェックしておくことがポイントです。

中小企業におすすめの勤怠管理システム3選

（製品名 abcあいうえお順／2026年1月時点）

kincone

ジョブカン勤怠管理

マネーフォワード クラウド勤怠

【無料版あり】【月500円以下／人】で選ぶ、中小企業におすすめの勤怠管理システム11選

（製品名 abcあいうえお順／2026年1月時点）→【並べ替える／機能の有無で探す】

e-就業OasiS【無料トライアルあり】

freee勤怠管理Plus【月300円／人から】

MOT勤怠管理【無料トライアルあり】

Teasy【無料プラン／無料トライアルあり】【月300円／人から】

笑顔レコーダー【無料トライアルあり】【月250円／人から】

勤怠管理ダービー【月500円／人から】

勤労の獅子【無料トライアルあり】【月500円／人から】

ジンジャー勤怠【月400円／人から】

スマレジ・タイムカード【無料プラン／無料トライアルあり】

つながるワークス【無料トライアルあり】

レコル【無料トライアルあり】【月100円／人から】

中小企業が勤怠管理システムを選ぶ際のポイント

自社の勤務形態に適しているか

勤怠管理システムを選ぶ際には、まず自社の勤務形態に合っているかどうかの適合を確認することが第一歩となります。

例えば、オフィス勤務、シフト勤務、フレックスタイム制、出張、客先への常駐など、企業ごとに異なる勤務形態があります。選定するシステムがこれらの勤務形態に対応しているかどうかを確認します。

特に近年はリモートワークや自宅勤務のような勤務形態も一般的になっていますので、この需要を満たす製品ならあ、従業員の柔軟な働き方を会社としてサポートしやすくなります。

リモート・直行直帰の“管理の仕方”を具体化するなら「勤怠管理にGPSを活用するなら？現場・リモート・直行直帰をラクにする管理方法を解説」をご覧ください。

参考：勤怠管理にGPSを活用するなら？　現場・リモート・直行直帰をラクにする管理方法を解説

導入時／導入後のカスタマイズは可能か

勤怠管理システムは、導入後に自社のニーズに合わせたカスタマイズがどこまでできるかの観点も重要な選定ポイントに挙がります。

仮に導入初期は大丈夫でも、企業の規模や業務内容、あるいは市場のニーズが変わればと新たな機能や設定が必要になることも多くあります。そうした変化にも柔軟に対応できる製品は長期的な視点での運用が可能となるでしょう。

カスタマイズ要望としてよく挙がる機能には、例えば管理項目の追加や変更、レポートのカスタマイズや生成の自動化、API連携などがあります。

導入前にカスタマイズの可否とその範囲なども確認し、自社に最適な設定が可能かどうかをチェックすることが大切です。

サポート体制は整っているか

勤怠管理システムの選定そしてその後の運用において、IT専任の人員が限られる企業ならば特に、製品提供ベンダー／パートナーのサポート体制が重要となります。システムを導入し、ノートラブルで運用が安定するのはまれです。大抵は多かれ少なかれ、トラブルや疑問、課題が発生します。その際に迅速かつ適切なサポートが受け、対策、改善していけるかどうかが今後の業務の継続性に大きく影響していきます。

例えばサポート体制には、電話やメールでの問い合わせ対応、オンラインチャット、FAQやマニュアルの提供などがあり、契約する料金プランによってサポートメニューが異なる場合も多くあります。併せて、定期的なシステムのアップデートやセキュリティ対策の体制も忘れずにチェックしておきましょう。

なお、導入前にこのような疑問や要望にも適切かつ明確に応えてくれるベンダーの体制は、今後安心して運用していけるかどうかを示す選定要件のカギにもなり得ます。

従業員および管理者にとって使いやすいか

勤怠管理システムは、従業員と管理者の双方が使いやすく適切に活用してこそ成果が出ます。従業員にとっては、出勤・退勤の打刻や休暇申請が簡便で直感的に操作できるユーザビリティがまず必要です。

管理者にとっては、データの確認や集計の簡単さ、承認などのしやすさ、レポート作成が効率的に行える機能などがチェックポイントになります。

「無料版」を有効活用する

クラウド型／SaaS型のIT製品は原則として「有料」であることは念頭に置いてもらいつつ、「無料版」は一定の条件のもとで個人事業主から中小規模シーンでの導入に向け、または「選定・検討のためのお試しのため」に用意されます。一定の条件とは、利用できる機能が基本的なものに限られる／利用できるユーザー数に制限がある／保存できるデータ数に制限がある／保存期間に制限がある／広告が表出するなどがあります。

その一方で、無料プランの制限を理解した上でその範囲で使えると判断できるならば、あるいは無料トライアルで「無料の範囲で試験的にスモールスタート」し、製品の機能や使い勝手、効果を検証したいといったシーンに「無料版」は適しています。

無料トライアルのある製品ならば、自社のニーズに合う機能があるかどうか、この先使っていけそうかどうかを遠慮なく「お試し」して確認しましょう。まず試用した上で、自社にはどのような製品が必要か、どんな機能がなければならないのか、自社はどこを目指すのか、などを確認しつつ本契約／料金プランを定めるのもよい方法の1つです。

おすすめSaaS導入前に考慮しておくべき3つの基本ポイント

中小企業へ特に効く、勤怠管理システムの「業務効率化と労働時間の正確な管理」の効果

勤怠管理システムには「業務効率化と正確な労働時間の管理」に大きな効果があります。エラーやリスクが残る手作業による管理に代わり、勤怠管理システムを導入することで出勤・退勤の自動記録や休暇申請が簡便になり、確実で正しいデータ記録の体制を実現できます。法令順守が求められる中で、正確な勤怠データは過重労働防止や労務トラブルの予防にも寄与します。機敏に動ける中小企業だからこその利点を生かしながら、勤怠管理システムで大きな成長を目指していきましょう。

もし「自社に合うIT製品・サービスが分からない」「どう探せばよいのか分からない」とお困りでしたら、あるいは「おすすめ製品・ベンダーを紹介してほしい」「詳しい人に相談したい」のような希望がありましたら、適切なIT製品・サービス選定に詳しいIT専門スタッフに聞ける・相談できるITセレクトのコンシェルジュ相談サービスを用意しています。ぜひご利用ください。（無料です！）

▼早速コンシェルジュ相談を申し込む