“It isn't personal.”とは、「個人的に何か恨みがあるから攻撃しているわけではない」と相手に分かってほしいときに使う表現です。“It's nothing personal.”というと、「悪く思わないで」という意味になります。例えば“She was chosen for the position, not you. But it's nothing personal.”(君ではなく、彼女が選ばれた。悪く思わないでくれ)と使います。
また相手を怒らせないように「気を悪くしないでほしいんだけど……」と前置きするときに使い、“Don't take it personally, but I'm not interested in going out to dinner with you.”(悪く思わないでほしいのだけれど、君と食事に行く気はないんだ)というような言い方をします。