予備電源は休止電源が対象となることから、その稼働コストは通常の稼働電源に比べて高額になると考えられる。
よって、「予備電源の指定」と「予備電源の再稼働判断」は分けて考えることとして、一旦予備電源として指定した後も、その稼働判断の断面では、他電源やDRリソースとのコスト比較が必要とされる。
なお、不足した供給力を補う仕組みとしては、すでに「供給力公募(kW公募)」や「容量市場 追加オークション」がある。予備電源はこれらのいずれかで落札された場合のみ、再稼働プロセスが開始されることとなる。つまり予備電源制度は、いわば二段階の構えとなっており、kW公募等の他制度との組み合わせにより、成り立つ制度として設計されている。
電源の休止状態を維持することやそれを再稼働させる(立ち上げる)ためには、一定の費用が発生する。
上述のように、予備電源が再稼働開始判断されるにはkW公募等を経る必要があるが、kW公募等で落札した電源は、ここで立ち上げ費用が支払われることとなる。よって二重支払いを避けるため、予備電源制度では、電源の休止措置や休止状態維持に関する費用のみが支払いの対象とされる。図4では、赤枠の範囲に限られる。
発電所の設備を休止や長期計画停止にする場合、?休止措置(保管作業)と、?休止中の維持管理作業、が発生する。
事業者へのヒアリングによると、休止措置に数億円/回、休止中の維持管理に数億円/年のコストが掛かるとの回答であった。
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