“come at a cost/price”とは、「高くつく」「かなりの犠牲が伴う」という意味の慣用句で、“come with a cost/price”という言い方もします。
また別の表現で“at the expense of”というと、その「犠牲になったもの」を明示する表現となり、“His success comes at the expense of his family.”(彼の成功は家族の犠牲の上に成り立っている)と使います。
“back to square one”とは「一マス目に戻る」、つまり「初めからやり直す」ことをいいます。語源に諸説あり、子どもの遊びの「けんけんぱ」(hopscotch)やボードゲームで「初めのマスに戻る」ことからきているという説を唱える人や、変わったところでは、BBCのラジオ放送でラグビーの試合を解説するときにグラウンドをマス目に分割して選手の動きを説明していたことから由来するという説もあります。語源はどうあれ、意味が比較的ストレートで分かりやすい慣用句ではないでしょうか。